El 3 de agosto de 1917, un grupo de estudiantes de la Escuela Normal y el Colegio Nacional de Paraná, de entre 15 y 18 años, inspirados en la corriente científica orientada en la Argentina por los trabajos de Florentino Ameghino, fundaron la "Asociación Estudiantil Pro Museo Popular".
La Comisión organizadora estuvo integrada por Antonio Serrano, Miguel Kessler, María L. Rico y Arturo Scheer, y los fondos que conformaron sus primeras colecciones procedían de donaciones y de excursiones realizadas por sus miembros. Al mismo tiempo, conformaron una Biblioteca Científica y editaron la "Revista del Museo Popular".
En 1924, el Consejo General de Educación designó al Prof. Antonio Serrano como Director Organizador del Museo Escolar Central. Durante diez años la institución fue un apoyo para la docencia entrerriana, promoviendo la formación de Museos Escolares y la enseñanza de las Ciencias Naturales y la Historia Prehispánica.
El 19 de diciembre de 1934, el Poder Ejecutivo transformó al Museo Escolar Central en Museo Provincial. En su decreto orgánico, otorgado en 1938, estaban ya contenidos los principales objetivos de un museo moderno.
El Museo de la provincia cambió de nombre varias veces, a medida que definía sus contenidos, volviendo poco a poco a su concepción original. Finalmente, tras la muerte de su fundador, acaecida en Córdoba el 12 de diciembre de 1982, se denominó Museo de Ciencias naturales y Antropológicas “Prof. Antonio Serrano”.
En noviembre de 2012, mediante la Ley 26.820, se transfiere a la provincia el inmueble que actualmente ocupa en calle Carlos Gardel 62, consiguiendo de esta manera tener un edificio propio.
Hoy, nuestro querido Museo cumple 99 años y seguimos trabajando para que su centenario lo encuentre en su máximo esplendor.